此外，总参谋部原本属于五军都督府，朱怡成准备把总参谋部连同五军都督府进行重设。
按照明制，五军都督府分为前、后、左、右、中五个都督府，按照五府结构分设，分别管理京师和天下各卫所军队，从品级上同兵部相等，规定五军都督府对军队无调遣权，其调遣之权由皇帝直接掌管；兵部在军队中虽有任免、升调、训练之权，但不统兵。每逢战事，由皇帝临时委派专人担任总兵官，统率卫所部队出征，战事结束，总兵归还将印，军队归还卫所。
从这点就能看出，朱元璋当年设置五军都督府是按照当初反元时的大都督府结构基础再加上宋时的枢密院来进行的，同时避免兵部过于染指军权，从而把日常军队的管理、统兵等职权直接交由五军都督府，可同时又限制调遣权归皇帝直接掌管，从而确保皇帝对军队的掌控。
不得不说，朱元璋的这种设置有独到之处，而且在前明早期起到了极好的效果。但由于土木堡之变后，前明勋贵集团在土木堡几乎被一扫而空，从而使得文官掌握的兵部权利大增。
英宗之后，五军都督府的地位开始逐步下降，等到前明中后期，勋贵在朝中已彻底失去了同文官抗衡的能力，五军都督府也就此成了摆设。
但对于朱怡成来讲，朱元璋设置的这套机制还是有可取之处的，而且朱怡成同当年的朱元璋一样，为了防止未来文官独大，从大明复国起就重新建立了新的封爵制度，以其来形成勋贵集团来牵制文官集团。
至于在军队方面，朱怡成在南京时就增设总参谋部，以确定五军都督府对于军事的权利，而之后又在五军都督府内部划分五军都督的职权，把原来按五府分设的结构调整为按军种和所职进行。
现在大明的五军都督府名义上挂着羊头，实际却是卖着狗肉。
其中中军都督府实际上就是京营或者说中央卫戎部队总司令部。前军都督府已成为陆军总部，后军都督府为海军总部，左军都督府统管预备役，右军都督府为总后勤部。
这五部，再加上总参谋部，连同六部之一的兵部，从而形成大明现在的军事结构，由皇帝朱怡成全权掌控。此外，地方上再划分军区，以分设总镇，确保大明军权的控制。
而这一次军机处调整，朱怡成不仅要增设铁道部和商部，同时还要重新确认总参谋部和五军都督府的职权。对于这个调整，其实在返都北京时朱怡成就在一直考虑的了。
此外，宣传部朱怡成暂时维持现状不动，但礼部这一块朱怡成却要再动上一动。
其实在满清时期，满清为了处理民族和藩国机制，已增设了理藩院，理藩院主官同为尚书等同六部，由此来看，满清六部其实并非六部，而是七部，而且理藩院的建立的确为处理这些事务解决了不少问题。
对此，朱怡成准备从礼部和鸿胪寺中的职权中划出部分，增设外交部，以替代满清的理藩院职权。但相比理藩院，外交部的职责却要重了许多，要知道满清的理藩院仅仅只是处理边缘民族地区和周边藩国事宜，而如今大明除了这些外，更多了还有同天下各国之间的交往。
随着大明迈向世界的脚步越来越快，如今大明已开始同西方各国有了密切接触。其中英国、葡萄牙两国早就同大明建立正常外交关系，甚至还分派了公使，设置了公使馆。
除去这两国外，荷兰也已提出同大明建立正常外交关系，并且得到了大明的同意，在京师的公使馆也在修建之中，等到荷兰公使由欧洲抵达京师，那么荷兰就是续英国和葡萄牙王国同大明正式建交的第三国。
之外，之前来联络的罗刹国，甚至包括已在新明进行接触的西班牙王国，说不定很快就连法兰西帝国也会向大明提出这样的要求。除去这些国家，欧洲还有瑞典、普鲁士、奥地利、丹麦等国，甚至还有横跨亚欧非大陆的奥斯曼帝国等等。
大明走向世界，必然会和同这些国家进行接触和来往，所以设置专门的外交部已迫在眉睫。
这样一来，在朱怡成的构思下，接下来大明的中枢机构为皇帝—军机处—原六部机构再加铁道部、商部、外交部三部。此外总参谋部连同五军都督府重新确立，改前军都督府为卫戎总司令部，后军都督府为海军总部，左军都督府统管预备役，右军都督府为总后勤部。
这个动作看起来似乎挺大，可实际上朱怡成真正改动的也只有铁道部、商部和外交部这三个新设而已。而在这三部中，前两者同工部有着极大关联，所以朱怡成这才会提前同蒋瑾告知，并希望作为工部尚书的他以准军机大臣的身份主动上书，提出方案。
至于外交部，这倒是简单。毕竟满清时期朝廷就有理藩院，而大明现在增设外交部也是顺理成章。而总参谋部和五军都督府，这关于军队方面，作为皇帝的朱怡成自然可以一言绝之，再说在经过几年的准备，眼下仅仅只是改个名称而已，一切等于水到渠成。
听完了朱怡成所讲，蒋瑾心中倒有几分震惊，他没想到朱怡成心中早就有了如此大范围的调整，而且对于朱怡成为什么对他说这些自然心里也很清楚。
蒋瑾不是傻瓜，何况他又是马上入军机的人，无论是铁道部还是商部的设置，对于原本就是掌握工部的他来说只有好处没有坏处。一旦这两部设立成功，蒋瑾在军机处的话语权就大大增加。
按照军机处的前后规则，等廖焕之等人退下后，军机处资格最老的就是史贻直了，如果不出意外的话史贻直就将取代廖焕之为首席军机。
而按照朝中资历，蒋瑾对于史贻直是不满的，毕竟当年他未能入军机就有着很大情绪，而如今虽然如愿，可是还要被史贻直压上一个头，这在心高气傲的蒋瑾看来依旧不甘。
可一旦能够直接影响三部，再加上他蒋瑾在朝中的威望，就算到时候史贻直是首席军机又如何？他蒋瑾依旧可以在军机处内部取得比史贻直更大的话语权，所谓的首席军机仅仅只是个名义罢了，想到这蒋瑾心头顿时一片火热。
最后的结果正如朱怡成预料的那样，望着蒋瑾带着喜色离去，朱怡成的嘴角同样露出了笑容，随后让小江子去请廖焕之过来，他要见一下这位劳苦功高即将退出军机的重臣。